全市现有港口企业108家，码头102座，泊位206个（其中万吨级及以上泊位26个），获批的3万吨级及以上泊位共28个（其中建成17个，在建11个），全港年设计通过能力达10154.31万吨、集装箱89万TEU。第一季度，港口货物吞吐量完成2863.17万吨，同比增长6.10%，其中外贸货物吞吐量完成496.42万吨，同比减少18.67%；集装箱吞吐量完成73.39万TEU，同比增长33.36%；旅客吞吐量完成8.23万人次，同比增长13.86%。全市完成码头项目固定资产投资1.45亿元，占年度投资计划的18.3%。第一季度安排进出虎门港船舶2548艘次（3000载重吨及以上，含1000总吨及以上的油品化工船），同比增长0.5%；安全引航船舶627艘次，同比下降15.61%。

全市现有水运企业共38家，运输船舶382艘，93.60万总吨，148.48万载重吨，其中1万载重吨以上的12艘。第一季度完成水路货运量1083.94万吨、水路货运周转量102.94亿吨公里、水路客运周转量514.55万人公里，同比分别增长13.38%、23.36%和20.18%。